مغول‌ها بنابر سنت‌های باستانی، آسمان را پرستش کرده و بر آیین‌های نیاپرستی و اجدادی، پایبند بودند. این‌گونه باورها در شمنیسم شمال آسیا به‌شکل نه‌چندان منسجمی، رایج بود. شمنیسم مغولی در کنار آنیمیسم باستانی، با آیین‌های خلسه و ارتباط با ارواح بی‌شماری پیوند داشت که خوشبختی و بداقبالی افراد را رقم می‌زدند.

در قرن‌های چهاردهم و پانزدهم میلادی و در دوره‌ی دودمان یوآن بود که خاقان‌های مغول، بودیسم را به‌صورت رسمی، در سراسر مغولستان گسترش دادند، اما ورود باورهای بودایی به این سرزمین، به قرن سوم و چهارم میلادی بازمی‌گردد. رواج آیین بودایی در قرن‌های چهاردهم و پانزدهم، بیشتر برای انسجام و یکدست کردن تبار مغول بود، تا صرفا گسترش اندیشه‌ای مذهبی.

در سال 1578 میلادی، آلتان خان، برای اتحاد و یکپارچگی مغول‌ها و هم‌چنین، برای دست یافتن به نامی باشکوه‌تر از چنگیز، آیین بودای تبتی گِلوگ را رونق داده و حمایت کرد. او برای اولین‌بار، لقب دالایی‌لاما را به بزرگان تبتی داد. پس از درگذشت آلتان خان، سنت وی حفظ شد و بودیسم تبتی، در سراسر مغولستان گسترش یافت و ترقی کرد. در این میان، سنت‌گرایانی که بر شمنیسم پایبند بودند، تلاش کردند تا آیین بودای تبتی را از گردونه بیرون کنند. این امر موجب درگیری‌هایی میان نجیب‌زادگان شد اما در نهایت، بودیسم تبتی سلطه‌ی سراسری‌اش را به‌دست آورد و آیین‌های شمنیسمی، به حاشیه رانده شدند. در گذار زمان، همان آیین‌های مهجور شمنیستی، با آیین بودای تبتیِ وارد شده به سرزمین مغول‌ها، تاحدودی تلفیق شد و به‌صورت باورهای فرهنگی، در سنت‌های مردم مغولستان، برجای ماند.

بیشتر متون بودایی وارد شده به مغولستان، به زبان سانسکریت و سُغدی و از آسیای میانه و به‌ویژه نپال بود. در این میان، متون سغدی، از حجم کمتری برخوردار بودند.

حاکمان مغولستان مانند امپراطور سیونگ‌نو، سیانب‌ئی، روران و گوکتورک، پذیرای راهبان بودایی شده و دیرهایی برپا کردند. آیین بودایی در آن زمان، بیشتر در میان نجبا و اشراف‌زادگانی رونق داشت که از آن حمایت می‌کردند.

آیین بودای مغولی، انشعابی‌ست از آیین بودای تبتی، به ‌ویژه مکاتب گِلوگ و کاگیو، و در حال حاضر، نیمی از مردم مغولستان، خود را پیرو آیین بودا می‌دانند.